肠道菌群在抵抗病原入侵、建立机体免疫、营养物质消化吸收、机体生长代谢、免疫抗肿瘤等一系列病理生理过程中发挥着非常重要的作用，能和肠道上皮细胞、其他器官及整个机体相互作用。肠道组织中存在大量免疫细胞和许多免疫因子，在肠道黏膜免疫中起着重要的作用。
肠道菌群——长期被忽视的“器官”
根据细菌生存需氧程度的不同可分为需氧菌、兼性厌氧菌和厌氧菌，肠道菌群以厌氧菌为主。机体与肠道菌群间存在着错综复杂的关系，两者共同进化，且肠道菌群是机体必不可少的一部分。健康的机体中，肠道菌群与机体通过相互依存和制约来维持动态平衡。
新生儿出生后，在短时间内细菌迅速定植在肠道，并随生长发育菌群发生演变，2岁后机体内达到微生态平衡。在这个过程中生产方式、喂养模式、抗生素使用等多种因素都对肠道菌群的结构有影响 。当机体的内环境或肠道内外环境发生变化时，肠道菌群与机体间的平衡被打破，导致肠道菌群失调，可能导致多种疾病的发生。许多研究表明免疫相关疾病如过敏、呼吸系统、糖尿病、肥胖及癌症等都与肠道菌群失衡有关。