益生元是有益于促进健康的菌种生长与活性的物质，益生菌是一类对宿主有益的活性微生物的总称，那么益生元和益生菌有什么区别呢？

益生元与益生菌都会影响肠道菌群的平衡，但影响的方式完全不同，关键区别在于：

1、益生元作用于本已存在与肠内的菌群，而益生菌是外部添加的活性有益菌。

2、益生元是益生菌的“食物”，是益生菌的“养料”。

除了这点区别，还应该注意以下几点：

1、益生元作为模拟母乳中的低聚糖，以未经消化的形式进入胃肠道，通过降低PH值，促进双歧杆菌等有益菌的生长，间接地促进胃肠道健康和营养素的吸收。

2、益生菌是外源有益菌，作用更直接。但是，它有较明显的针对性，即针对不同的病因及体质，添加不同的菌种，如双歧杆菌对胃肠道疾病有显著功效等。

3、在胃部强酸性的环境下，外来细菌的存活性会受到考验，因为只有活着进入胃肠道的有益菌才能发挥功效，有的益生菌株不能经受胃酸(强酸环境)和肠液(碱性环境)的腐蚀，而益生元不是生物，不存在存活率的问题。

4.、免疫系统对于由外部而来的益生菌有识别的过程，当外部直接添加益生菌时，不同体质的人体可能会产生不同的反应。

5、补充“益生元”的思路是，通过提供有益细菌喜欢的食物来扶持它们，从而压制有害细菌。而补充“益生菌”的思路则是通过益生菌在肠道内定植繁衍，调节肠道菌群平衡，增加有益菌数量，抑制有害菌的生长。通过补充益生菌还能够促进肠蠕动，增强肠道功能，刺激免疫系统，提高人体免疫，有益于人体健康。